Dua bidang ini sering bertentangan, apalagi belakangan ini. Perkembangan ilmu nampak sangat berbeda dengan agama. Walau tidak semua ilmuan ateis namun banyak pernyataan ilmu menjadi senjata bagi kaum Ateis untuk menantang agama. Agama dipotong dengan pisau occam sampai disebut tidak bermakna.

Ilmu dan Agama keduanya menawarkan kepastian. Hanya saja kepastian yang diberikan berasal dari metode yang berbeda. Ilmu bukanlah agama dan agama bukan ilmu. Keduanya adalah hal yang berbeda.

Ilmu seringkali berpura-pura jadi agama dan itulah yang disebut Scientisme. Ilmu yang menyamar menjadi agama dan menawarkan suatu pemahaman yang diluar bidang ilmu itu sendiri. Penindasan bisa saja terjadi di sini, dengan nama-nama besar dan logika-logika mereka. Sebuah paham bersembunyi di balik teori-teori ilmiah. Paham paham di balik pemikiran ilmuan bersembunyi di balik teori-teori ilmiah.

Sebaliknya agama yang menggunakan ilmu juga berbahaya. Agama tidak dipahami begitu saja, karena kitab suci dan ajaran agama memerlukan penafsiran. Di sana terdapat berbagai penafsiran, buktinya adanya berbagai aliran-aliran dalam agama tersebut. Ilmu yang meng-agama bisa berbahaya, karena banyaknya penafsiran ini. Ilmu bisa menjadi senjata yang dikuasai aliran tertentu untuk menekan pemahaman lain.

Dengan kata lain Scientisme terselubung. Misalnya saja sebuah teori mengenai pergerakan benda-benda langit tidak sesuai dengan ilmu yang berkembang. Bisa saja dengan dalih agama teori lain menekan teori yang secara politik lebih lemah. Dengan mengatakan dalil-dalil sesuai dengan agama maka teori itu dibantah. Padahal belum tentu itu adalah murni pendapat agama, namun pendapat dan penafsiran aliran tertentu.

Sebaliknya perselingkuhan lain antara agama dan ilmu adalah ketika ilmu berubah menjadi semacam agama. Ilmu tidak menyadari sifatnya yang tidak abadi dan falliable. Berusaha memaksakan diri untuk menjadi pasti akan membentur tembok-tembok yang digambarkan oleh para filsuf ilmu.

Saya tidak mengatakan bahwa ilmu yang didasari agama tidak boleh berkembang. Saya lebih menganut paham Everything Goes, silakan saja mengembangkan ilmu dari perspektif anda sendiri. Hanya saja kerendahatian diperlukan dalam ilmu pengetahuan. Karena kita, ilmuan atau agamawan tidak lebih tahu dari Tuhan.