Mungkin Problema batas-batas yang paling awal yang diketahui adalah problema antara agama dan Ilmu. Bagi kita di masa sekarang nampaknya sudah jelas perbedaan antara agama dan ilmu pengetahuan. Pada masa dahulu saat agama masih menjadi pusat satu-satunya dari pengetahuan akan sangat susah sekali membedakan antara ilmu dan agama.

Anda bisa membayangkan pada zaman dahulu di Yunani kuno di mana dewa-dewa masih seakan berjalan-jalan di bumi. Upacara-upacara masih dilakukan untuk para dewa-dewa kuno tersebut. Andai ada badai atau ada bencana mereka menisbatkannya pada dewa tertentu. Andai ada kebaikan maka mereka juga menisbatkannya pada dewa yang lain. Misalnya kekalahan atau kemenangan perang pada Ares, petir dan badai pada Zeus, ombak besar dan badai lautan pada Posseidon.

Dalam lingkungan dan seperti itu maka ilmu pengetahuan akan sangat sulit berkembang. Dalam masa demikian seorang ilmuan akan sangat kesulitan menyatakan teori-teorinya. Ini dikarenakan teori yang bertentangan dengan paham keagamaan yang dianut pada masa itu bisa menyebabkan sang ilmuan dikategorikan sebagai kafir dan kemudian dihukum. Misalnya saja seperti menyatakan bahwa matahari adalah sebuah batu yang panas (Seperti Anaxagoras misalnya). Seorang penganut Apollo yang taat bisa menganggap ini sebagai penghinaan terhadap dewa matahari, dan karena agama seringkali berkaitan dengan kekuasaan maka pandangan ini bisa dilarang oleh kekuasan agama.  kasus lainnya adalah kasus Galileo.

Sebenarnya Ilmu dan Agama tidak hanya saling melawan. Ilmu dan agama kadang menjadi saling membantu satu sama lain.  Seringkali pada masa dahulu ilmuan adalah seorang yang religius dan religiusitas menjadi pendorong bagi penelitian Ilmiah, jadi hubungan mereka sebenarnya lebih rumit dari kelihatannya.

Ada beberapa pandangan selain pandangan konflik di atas, yaitu bahwa mereka saling terpisah, berdialog atau berintegrasi  satu sama lain. Pendapat yang manapun yang pasti ada perbedaan antara agama dan Ilmu pengetahuan. Bagaimana sebaiknya mereka berhubungan dan berinteraksi satu sama lain masih diperdebatkan hingga sekarang.